エントリーの再作成で失敗する件について、「小粋空間」さんでも、いろいろ書いてありました。

• 小粋空間: 3.2-ja 再構築時のパフォーマンス（その2）

3.2-ja 再構築時のパフォーマンスで頂いたコメント・トラックバック等の情報より、再構築時に500エラーが発生する原因と対処方法です。

上記エントリーの下の方に票があるんですが、単純にもうMT3.2では、最高構築時にメモリーの消費が激しいようです。
エントリーの作成が途中でとまってしまうのも、その影響があるかもしれません。