エントリーの再作成で失敗する件について、「小粋空間」さんでも、いろいろ書いてありました。
3.2-ja 再構築時のパフォーマンスで頂いたコメント・トラックバック等の情報より、再構築時に500エラーが発生する原因と対処方法です。
上記エントリーの下の方に票があるんですが、単純にもうMT3.2では、最高構築時にメモリーの消費が激しいようです。
エントリーの作成が途中でとまってしまうのも、その影響があるかもしれません。
直接効果があるかわからなかったんですが、lib/MT/Entry.pmのパッチだけは当ててみました。
DBM.pmの修正は、MT3.2-Release2では既に当たってるようです。
再構築時のメモリ増加は英語版の段階であるようです。
どこに書いてあったかは忘れたんですが、本家の方ではコメントリストを作成する文化がない為気が付かれていなかったのではという見解がありました。デフォルトテンプレートに確かにないようです。